2016年2月19日，科技部网站发布关于发布重大科学仪器设备开发专项2016年度指南的通知，本指南共设置了关键核心部件、高端通用科学仪器和专业重大科学仪器3类任务，下设10个重点方向，支持数量不超过实施方案内容的30%。
　　其中核心关键部件开发与应用中包括：源部件、探测器与传感器、分析分离与控制部件；
　　高端通用仪器工程化及应用开发包括：分析仪器、 物理性能测试仪器、电子测量仪器、计量仪器；
　　专业重大科学仪器开发及应用示范包括：支撑经济和产业发展的专业重大科学仪器、服务公益行业和民生改善的专业重大科学仪器、保障国家安全和公共安全的专业重大科学仪器。
　　此外，指南中还指出，项目成果是以市场前景广泛的关键核心部件和重大科学仪器设备产品的开发和产业化应用为目标，一般的核心部件与科学仪器的原理和方法研究，商业化前景不明确的核心部件与仪器研制等工作，以及临床医疗仪器、生产设备、机械装备、平台建设等，不属于本专项的支持方向。